A Septfonds on trouve les premières traces de l’homme à l’âge du cuivre avec plusieurs dolmens sur le plateau de Dardenne, langue de Causse entre Caussade et Septfonds.

En 1130, appelés par le vicomte de Bruniquel, des moines agriculteurs de l'abbaye de Cadoin, en Périgord, fondent une abbaye à cet emplacement. En bons cisterciens, ils s'installent près de l'eau (7 fontaines) pour défricher. En 1163, après une guerre entre Ramon V de Toulouse et Henri II Plantagenêt, ils déménagent à Saint-Marcel (Réalville). Une chapelle, rebâtie aux XVIIe et XIX e siècles, près de l’actuel cimetière dans l’axe de l’ancienne route de Caussade, rappelle leur souvenir.
Auparavant la petite agglomération constituée au contact de l’abbaye est refondée un siècle plus tard, entre 1249 et 1260, sous forme d’une bastide du comte de Toulouse Alfonse de Poitiers (gendre de Ramon VII vaincu de la croisade, frère de Louis IX, dit Saint-Louis, le vainqueur). En 1270, Alfonse octroie des coutumes à la bastide ; la ville est protégée au XIVe siècle par une enceinte contenant 2 ha.

De 1572 à 1577, Septfonds passe à la Réforme aux côtés de Caussade et Nègrepelisse puis est définitivement ramenée au parti catholique et royal. L'église Saint-Blaise, rebâtie au XVIIe siècle, fut surélevée en 1861 de même que le clocher et la façade. Un peintre espagnol interné au camp de Judes a exécuté le Chemin de Croix.
Au XVIIIe siècle, Richeprey rapporte que « les meilleures terres sont calcaires avec un assolement triennal, mais beaucoup ne rendent que 5, 4, 3 ou 2 fois la semence ».

Le XIXe siècle est le grand siècle de Septfonds, la population passe de 850 habitants en 1800 à 1 235 en 1850 et 2 200 en 1900. A l’origine de cet essor est la chapellerie ; fondée par Péronille Cantecor en 1796 elle compte 25 usines un siècle plus tard.

Le XXe siècle est celui du déclin progressif de la chapellerie tant en raison du développement de la mode de la tête nue que de la concurrence des pays à faible coût de main d’œuvre.

C’est à Septfonds que naît en 1892 Dieudonné Costes, fils d’ouvriers chapeliers. As de l’armée d’Orient, vainqueur de l’Atlantique Sud en 1927, vainqueur en 1930 de l’Atlantique Nord dans le sens est-ouest, contraire aux vents.

Prologue de la deuxième guerre mondiale, la guerre d’Espagne jette en France les débris de l’armée légale. Le 5 mars 1939 débarquent à Septfonds, dans un grand champ, les premieres internés. Ils furent 16000 au total, les mauvaises conditions de départ expliquent les 81 tombes du cimetière des Espagnols au sud-ouest de Septfonds : « muertos al sol, al frio, a la lluvia, a la helada » Rafael Alberti. Ils furent bientôt libérés soit pour travailler, soit pour s’engager da ns l’armée française. Beaucoup ont fait souche dans la région.
Le camp se situait à Judes, à l’est de Septfonds, nom prémonitoire : 295 juifs y transitent en 1942 avant le dernier voyage dans les trains de la mort. A la Libération le camp accueille 500 partisans de l’Etat français du maréchal Pétain.
Sans avoir retrouvé son optimum de 1900 la population , après avoir longtemps stagné autour des 1500 habitants des années 1930 à 1980, a retrouvé le niveau de 1860 habitants en 1999.

Septfonds - Entrée de la ville Carte postale Avant 1914

Septfonds - La Mairie Carte postale Avant 1914

Septfonds - 1939 Républicains espagnols parqués au camp de Judes